مسجد جامع یزد به شیوه یک ایوان در دل کویر می‌باشد و در طی حدود ۱۰۰ سال و سه دوره بنا شده‌است. پایه‌های اصلی مسجد را ساسانیان و بنای فعلی مسجد، از لحاظ شیوه معماری متعلق به دو دوره موسوم به آذری دانسته‌اند. بنای گنبد خانه متعلق به دوره ایلخانی و سر در رفیع مسجد را متعلق به زمان شاهرخ و دوره تیموری دانسته‌اند. این بنا از لحاظ خوابیدگی گنبد، سردر رفیع و بلند و همچنین کاشی‌کاری زیبا و منحصربه‌فرد،شهرت دارد. سبک معماری این بنا به شیوه آذری است.

مسجد جامع کبیر یزد، یکی از شاهکارهای تاریخی ایران بوده که در هر گوشه و کنار آن، یادگارهایی از دوران گوناگون برجای مانده است. تاریخچه و ساخت مسجد جامع از دوران پیش از اسلام آغاز شده و پایان کار آن به دهه اخیر برمیگردد. این مسجد یکی از زیباترین مساجد دوره‌ی تیموری است که از نظر کاشی‌کاری، سَردَر رفیع، منارهها و کتیبه‌ی آن در عداد زیباترین شاهکارهای معماری قرن نهم هجری قمری می‌باشد. گرچه ساختمان اصلی مسجد را به قبل از دورة تیموری نسبت می‌دهند ولی ساختمان فعلی بر طبق کتیبه‌های موجود نشان می‌دهد که در دوره‌ی تیموری بنا گردیده‌است. کتیبه‌های مسجد یکی به خطّ کوفی آجری و دیگری به خطّ ثلث سفید بر روی کاشی لاجوردی است. در متن کتیبه سَردَرْ، نام شاهرخ تیموری و سلطان جهانشاه و تاریخ ۸۶۱ هجری قمری خوانده می‌شود. دردوران پیش از اسلام درمکان کنونی مسجد جامع، احتمالاً آتشکده ساسانی برپابوده که تا دوران پس از اسلام نیز دوام داشته است.  پیشینه تاریخی: قدیمی‌ترین تاریخی که برای انجام فعالیت‌های مذهبی-اسلامی، در بخشی از فضای کنونی مسجدجامع یزد ذکر می‌شود، متعلق به نیمه دوم قمری است. احداث مسجدجامع را نیز مربوط به نیمه دوم سده سوم قمری، درزمان حکومت «عمرولیث» و در عصر صفاریان یا قبل از سلاجقه می‌دانند، مسجدی که در ترسیم ماکسیم سیرو دارای انحراف قبله بود. درسده چهارم قمری، مسجدجامع یزد در حومه شهر قرار داشته، که درواقع درکنار آتشکده زرتشتی بنا شده بود.

این مسجد به چند دلیل حایز اهمیّت است: نخست آن که قدیم‌ترین نمونه‌ی معماری است که طی قرن نهم هجری قمری، در معماری مذهبی ناحیّه‌ی یزد از آن تقلید شده‌است؛ این طرح مرکّب از یک مقصوره‌ی گنبددار و یک شبستان مستطیل بلند و کشیده‌است. چهارگوش بودن پلان مسجد برگرفته از الگوی معماری کعبه است.